Ο Σύλλογος Εργαζομένων στον ΕΟΦ έχει ιδρυθεί από το 1976, τότε ως «Σύλλογος Εργαζομένων στο ΚΕΕΦ» (Κρατικό Εργαστήριο Ελέγχου Φαρμάκων – προκάτοχος Οργανισμός του ΕΟΦ). Ο ΕΟΦ ιδρύθηκε το 1983 και το ΚΕΕΦ ενσωματώθηκε στον νέο Οργανισμό.

Ο Σύλλογος Εργαζομένων στον ΕΟΦ έχει ως μέλη του το προσωπικό του ΕΟΦ όλων των κλάδων και κατηγοριών

Οι σκοποί του Συλλόγου, όπως αναγράφονται στο Καταστατικό του, είναι

1. Η συνένωση όλων των υπαλλήλων για την Ενιαία και συλλογική μελέτη, προστασία και προαγωγή των οικονομικών, εργασιακών, επιστημονικών, εκπαιδευτικών, κοινωνικών, ηθικών και λοιπών συμφερόντων τους για την εξύψωση του βιοτικού και επαγγελματικού επιπέδου τους.
2. Η προάσπιση της Δημόσιας Υγείας.
3. Η καλλιέργεια πνεύματος ενότητας και συνεργασίας, η προβολή και υποστήριξη των διεκδικήσεων και η κατοχύρωση των κατακτήσεων των μελών του.
4. Η καλλιέργεια, ανάπτυξη και περιφρούρηση των ιδεών της Ελευθερίας, Δημοκρατίας, Εθνικής Ανεξαρτησίας για την κατάκτηση της Κοινωνικής Δικαιοσύνης.
5. Η επίτευξη ελεύθερου συνδικαλισμού, η ανάπτυξη συνδικαλιστικής συνείδησης, η ενότητα του συνδικαλιστικού κινήματος και ο εκδημοκρατισμός και εκσυγχρονισμός της Δημόσιας Διοίκησης.
6. Η προστασία της Δημοκρατίας και της ελεύθερης έκφρασης των μελών του στο χώρο δουλειάς.

Ο Σύλλογος Εργαζομένων ΕΟΦ, στην πλέον των 30 ετών λειτουργία του, έχει λειτουργήσει σε αυτά τα πλαίσια, διεκδικώντας τόσο τα εργασιακά και άλλα δικαιώματα των εργαζομένων, όσο και την βελτίωση του ΕΟΦ ώστε να λειτουργεί αποτελεσματικότερα στην προάσπιση της Δημόσιας Υγείας.